НИМХ е акредитиран от Националната агенция за оценяване и акредитация (НАОА) по две докторски програми.

• „Метеорология“ – в област на висше образование 4. Природни науки, математика и информатика, професионално направление 4.4. Науки за земята (квалификационна характеристика)
• „Инженерна хидрология, хидравлика и водно стопанство“ – в област на висше образование 5. Технически науки, професионално направление 5.7. Архитектура, строителство и геодезия (квалификационна характеристика)